
La creación del Centro partió de la necesidad de incorporar mayor contenido de materias complementarias en las carreras de ingeniería y en aquéllas que por situaciones de formación académica del alumnado, requerían del conocimiento y aprendizaje de otros idiomas diferentes al español; a fin de acceder a cursos de postgrado o programas de intercambio académico con otros países de lengua distinta a la hispana.
El día 1 de julio de 1966, se dio inicio al primer periodo de cursos en el área de Zacatenco, con la impartición de los idiomas inglés, italiano, alemán y ruso, albergando a 900 estudiantes.
En 1977 el Centro estaba conformado por dos Coordinaciones: Administrativa y Académica, dependiendo de ésta última los departamentos de alemán, francés, inglés, italiano, japonés, portugués y ruso. En Enero de ese año, se reestructuró orgánicamente, creándose la Coordinación General del CENLEX, de la cual dependían la Coordinación Adjunta a nivel asesoría y la Comisión Coordinadora de Inglés, así como las Áreas de Investigación Académica, Publicaciones, Relaciones Públicas y la Oficina Administrativa.
A partir del mes de Enero de 1980 como parte del proceso de reestructuración del Instituto Politécnico Nacional; el CENLEX se incorporó a la Dirección de Estudios Profesionales, dependiendo de la División de Actualización Profesional y Capacitación para la Docencia.
En Septiembre de 1982 se crea la Coordinación de Investigación; sin embargo y derivado de la necesidad de brindar atención a los alumnos de los planteles educativos en la Unidad Santo Tomás del Instituto Politécnico Nacional; en Noviembre de ese año, se constituye la Coordinación Adjunta Unidad Santo Tomás, la cual impartía los idiomas de inglés y francés.
En el mes de Agosto de 1983, se modifica la denominación del Centro de Enseñanza de Lenguas Extranjeras, quedando como Centro de Lenguas Extranjeras.
En Mayo de 1985 se llevó a cabo una reestructuración orgánica en la Dirección de Estudios Profesionales, donde la Coordinación General del Centro de Lenguas Extranjeras, dependió directamente de la referida Dirección; autorizándose un nuevo organigrama para el CENLEX con Coordinación Adjunta de Santo Tomás y los Departamentos de Biblioteca, Audiovisual y Material Didáctico y Departamento de Servicios Administrativos.
Como resultado de la revisión conjunta entre el CENLEX Unidad Zacatenco y la Dirección de Planeación y Organización en Mayo de 1994, por primera vez se le asignó la clave de Unidad Responsable y se autorizó el organigrama con las siguientes áreas: Dirección, Departamento de Inglés, Departamento de Lenguas Indoeuropeas e Indochinas, Departamento de Diplomados, Departamento de Control Escolar, Departamento de Biblioteca, Audiovisual y Material Didáctico y Departamento de Servicios Administrativos.
Como parte de la reestructuración orgánica del Instituto Politécnico Nacional en Agosto de 1999, el CENLEX Unidad Zacatenco, cambió su dependencia de la Secretaría Académica a la Secretaría de Extensión y Difusión; para el mes de Junio de 2000, la estructura orgánica quedó conformada de la siguiente manera: Dirección, Departamento de Inglés, Departamento de Lenguas Indoeuropeas y Orientales, Departamento de Diplomados, Departamento de Control Escolar, Departamento de Biblioteca, Audiovisual y Material Didáctico y Departamento de Servicios Administrativos.
Al expedirse el Reglamento Orgánico del Instituto Politécnico Nacional, las actividades académicas y administrativas del Centro, quedaron enmarcadas dentro de los ámbitos de competencia de las Secretarías Académicas y de Extensión y Difusión respectivamente; por lo que a la primera le correspondió la elaboración y actualización de los programas de estudio y de las demás actividades afines al área académica; y a la segunda, coordinar, controlar, evaluar y organizar con oportunidad el funcionamiento y desarrollo de las actividades de extensión, idiomas y culturales del Centro.
En Septiembre de 2002 se modificó la estructura orgánica del Centro de Lenguas Extranjeras Unidad Zacatenco, al reubicarse en la Secretaria de Apoyo Académico, integrado con las siguientes áreas: Dirección, Subdirección Académica, Departamento de Inglés, Departamento de Lenguas Indoeuropeas y Orientales, Subdirección de Apoyo y Extensión, Departamento de Medios de Tecnología, Departamento de Promoción y Desarrollo Educativo, Departamento de Control Escolar y Departamento de Servicios Administrativos.
De las últimas modificaciones a la estructura orgánica funcional del Centro, ya fue considerada como Unidad Responsable dependiente de la Secretaría de Apoyo Académico, a efecto de impartir y acreditar estudios en lenguas extranjeras y dimensionar sus posibilidades reales de crecimiento, con compromisos precisos de apoyo a los programas académicos institucionales de idiomas, de acreditación de conocimiento y dominio de idiomas cuando los alumnos del Instituto Politécnico Nacional así lo requieran; y de impartición de cursos ex profeso para la comunidad politécnica y general.
En Septiembre de 2005, la nueva estructura orgánica autorizada determina al CENLEX como una Unidad Responsable incorporada a la Dirección de Formación de Lenguas Extranjeras incorporada a la Secretaria Académica, teniendo en forma particular, la integración de un Comité Interno de Proyectos aunado a las áreas que lo conformaban.
En Agosto del 2007, la Dirección General del IPN aprueba la creación de la Unidad de Informática, una estructura orgánico-administrativa, dependiente de la Dirección del Centro, la cual, tiene como principales funciones coordinar, administrar y proporcionar los servicios relativos a cómputo y telecomunicaciones; integrar una base de datos de la infraestructura con la que se cuenta y mantener actualizada la página Web del Centro. Asimismo a partir de su creación, se ha establecido comunicación con las diferentes ECU's impartiendo talleres virtuales y aplicando exámenes en línea.